5ZKQ refined

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

PAF receptor

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate

VERSION

2022-06-19

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

PAF receptor (sequence similarity: 100%) PDB: 5ZKQ

TEMPLATES

5ZKQ (PAF receptor)
6RNK (succinate receptor)
6RZ5 (CysLT1 receptor)
6RZ4 (CysLT1 receptor)
4XNW (P2Y1 receptor)
5UNG (AT2 receptor)
7K15 (BLT1 receptor)
5NDD (PAR2)
5LWE (CCR9)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 84.7 9.9 5.4
Side-chains 81.2 9.6 9.2

Number of backbone templates: 9
Number of rotamer templates: 21

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 5 D - - - - -
N-term 6 S - - - - -
N-term 7 S - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
N-term 8 H - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
N-term 9 M - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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ICL1 48 K - - - - -
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TM3 94 G 3.29x29 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM3 98 F 3.33x33 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM3 115 R 3.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM3 119 V 3.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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ICL2 122 P 34.50x50 - - - -
ICL2 123 I 34.51x51 CysLT1 receptor 6RZ5 - -
ICL2 124 K 34.52x52 CysLT1 receptor 6RZ5 AT1 receptor 6DO1
ICL2 125 T 34.53x53 CysLT1 receptor 6RZ5 CXCR2 6LFO
ICL2 126 A 34.54x54 CysLT1 receptor 6RZ5 SST2 receptor 7T10
ICL2 127 Q 34.55x55 CysLT1 receptor 6RZ5 GPR52 6LI3
ICL2 128 A 34.56x56 CysLT1 receptor 6RZ5 CCR1 7VL9
ICL2 129 N 34.57x57 - - - -
TM4 130 T 4.38x38 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM4 134 G 4.42x42 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM4 138 S 4.46x46 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 139 L 4.47x47 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 140 V 4.48x48 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 141 I 4.49x49 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 142 W 4.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 143 V 4.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM4 145 I 4.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 146 V 4.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 147 G 4.55x55 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 148 A 4.56x56 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 149 A 4.57x57 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 150 S 4.58x58 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 151 Y 4.59x59 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 152 F 4.60x60 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 153 L 4.61x61 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 154 I 4.62x62 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM4 155 L 4.63x63 CysLT1 receptor 6RZ4 CCR7 6QZH
ECL2 156 D - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 157 S - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 158 T - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 159 N - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 160 T - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 161 V - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 162 P - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 163 D - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 164 S - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 165 A - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 166 G - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 167 S - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 168 G - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 169 N - PAF receptor 5ZKQ - -
ECL2 170 V - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 171 T - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 172 R - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 173 C 45.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 174 F 45.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 175 E 45.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 176 H - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 177 Y - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 178 E - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL2 179 K - PAF receptor 5ZKQ - -
ECL2 180 G - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 181 S 5.33x33 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 182 V 5.34x34 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 183 P 5.35x35 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 184 V 5.36x36 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM5 186 I 5.38x38 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 187 I 5.39x39 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 188 H 5.40x40 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 189 I 5.41x41 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 190 F 5.42x42 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 191 I 5.43x43 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 192 V 5.44x44 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 193 F 5.45x45 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 194 S 5.46x46 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 195 F 5.47x47 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 196 F 5.48x48 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 197 L 5.49x49 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 198 V 5.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 199 F 5.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 200 L 5.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 201 I 5.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 202 I 5.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 203 L 5.55x55 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 204 F 5.56x56 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 205 C 5.57x57 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 206 N 5.58x58 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 207 L 5.59x59 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 208 V 5.60x60 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 209 I 5.61x61 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 210 I 5.62x62 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 211 R 5.63x63 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 212 T 5.64x64 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 213 L 5.65x65 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 214 L 5.66x66 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 215 M 5.67x67 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM5 216 Q 5.68x68 P2Y1 receptor 4XNW β2-adrenoceptor 6OBA
ICL3 217 P - - - - -
ICL3 218 V - - - - -
ICL3 219 Q - - - - -
ICL3 220 Q - - - - -
TM6 221 Q 6.24x25 AT2 receptor 5UNG 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 222 R 6.25x26 AT2 receptor 5UNG NTS1 receptor 4BUO
TM6 223 N 6.26x27 AT2 receptor 5UNG - -
TM6 224 A 6.27x28 AT2 receptor 5UNG GAL1 receptor 7WQ3
TM6 225 E 6.28x29 AT2 receptor 5UNG Y1 receptor 5ZBH
TM6 226 V 6.29x30 AT2 receptor 5UNG V2 receptor 7KH0
TM6 227 K 6.30x31 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 228 R 6.31x32 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 229 R 6.32x33 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 230 A 6.33x34 PAF receptor 5ZKQ GAL1 receptor 7WQ3
TM6 231 L 6.34x35 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 232 W 6.35x36 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 233 M 6.36x37 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 234 V 6.37x38 PAF receptor 5ZKQ apelin receptor 5VBL
TM6 235 C 6.38x39 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 236 T 6.39x40 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 237 V 6.40x41 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 238 L 6.41x42 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 239 A 6.42x43 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 240 V 6.43x44 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 241 F 6.44x45 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 242 I 6.45x46 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 243 I 6.46x461 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 244 C 6.47x47 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 245 F 6.48x48 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 246 V 6.49x49 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 247 P 6.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 248 H 6.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 249 H 6.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 250 V 6.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 251 V 6.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 252 Q 6.55x55 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 253 L 6.56x56 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 254 P 6.57x57 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 255 W 6.58x58 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 256 T 6.59x59 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 257 L 6.60x60 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 258 A 6.61x61 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 259 E 6.62x62 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 260 L 6.63x63 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 261 G 6.64x64 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL3 262 F - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
ECL3 263 Q - PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 264 D 7.24x23 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 265 S 7.25x24 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 266 K 7.26x25 PAF receptor 5ZKQ - -
TM7 267 F 7.27x26 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 268 H 7.28x27 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 269 Q 7.29x28 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 270 A 7.30x29 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 271 I 7.31x30 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 272 N 7.32x31 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 273 D 7.33x32 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 274 A 7.34x33 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 275 H 7.35x34 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 276 Q 7.36x35 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 277 V 7.37x36 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 278 T 7.38x37 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 279 L 7.39x38 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 280 C 7.40x39 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 281 L 7.41x40 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 282 L 7.42x41 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 283 S 7.43x42 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 284 T 7.44x43 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 285 N 7.45x45 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 286 C 7.46x46 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 287 V 7.47x47 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 288 L 7.48x48 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 289 D 7.49x49 PAF receptor 5ZKQ GPR183 7TUZ
TM7 290 P 7.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 291 V 7.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 292 I 7.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 293 Y 7.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 294 C 7.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 295 F 7.55x55 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 296 L 7.56x56 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 297 T 7.57x57 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 298 K 7.58x58 BLT1 receptor 7K15 - -
TM7 299 K 7.59x59 BLT1 receptor 7K15 - -
H8 300 F 8.50x50 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 301 R 8.51x51 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 302 K 8.52x52 PAR2 5NDD CCR1 7VL9
H8 303 H 8.53x53 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 304 L 8.54x54 PAR2 5NDD CCR1 7VL9
H8 305 T 8.55x55 PAR2 5NDD apelin receptor 5VBL
H8 306 E 8.56x56 PAR2 5NDD B2 receptor 7F2O
H8 307 K 8.57x57 PAR2 5NDD EP4 receptor 5YWY
H8 308 F 8.58x58 PAR2 5NDD CCR1 7VL9
H8 309 Y 8.59x59 CCR9 5LWE - -
H8 310 S 8.60x60 CCR9 5LWE MT1 receptor 6ME2
H8 311 M 8.61x61 CCR9 5LWE GPR52 6LI1
H8 312 R 8.62x62 CCR9 5LWE US28 4XT1
H8 313 S 8.63x63 CCR9 5LWE - -
C-term 314 S - - - - -
C-term 315 R - - - - -
C-term 316 K - - - - -
C-term 317 C - - - - -
C-term 318 S - - - - -