ntr1_rat
NAME
3ZEV
ORGANISM
Rat (Rattus norvegicus)
PROTEIN NAME
ntr1_rat
SOURCE
SWISSPROT
SEQUENCE
Perspective:
Wild-type
Construct
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| N-term | |||||||||
|
M
|
H
|
L
|
N
|
S
|
S
|
V
|
P
|
Q
|
G
|
| 10 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T
|
P
|
G
|
E
|
P
|
D
|
A
|
Q
|
P
|
F
|
| 20 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
S
|
G
|
P
|
Q
|
S
|
E
|
M
|
E
|
A
|
T
|
| 30 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
F
|
L
|
A
|
L
|
S
|
L
|
S
|
N
|
G
|
S
|
| 40 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
G
|
N
|
T
|
S
|
E
|
S
|
D
|
T
|
A
|
G
|
| 50 | |||||||||
|
P
|
N
|
S
|
D
|
L
|
D
|
V
|
N
|
T
|
D
|
| 60 | |||||||||
| TM1 | |||||||||
|
I
|
Y
|
S
|
K
|
V
|
L
|
V
|
T
|
A
|
I
|
| 70 | |||||||||
|
Y
|
L
|
A
|
L
|
F
|
V
|
V
|
G
|
T
|
V
|
| 80 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
G
|
N
|
S
|
V
|
T
|
A
|
F
|
T
|
L
|
A
|
| 90 | |||||||||
| ICL1 | TM2 | ||||||||
|
R
|
K
|
K
|
S
|
L
|
Q
|
S
|
L
|
Q
|
S
|
| 100 | |||||||||
|
|
|
||||||||
|
T
|
V
|
H
|
Y
|
H
|
L
|
G
|
S
|
L
|
A
|
| 110 | |||||||||
|
L
|
S
|
D
|
L
|
L
|
I
|
L
|
L
|
L
|
A
|
| 120 | |||||||||
|
M
|
P
|
V
|
E
|
L
|
Y
|
N
|
F
|
I
|
W
|
| 130 | |||||||||
| ECL1 | TM3 | ||||||||
|
V
|
H
|
H
|
P
|
W
|
A
|
F
|
G
|
D
|
A
|
| 140 | |||||||||
|
G
|
C
|
R
|
G
|
Y
|
Y
|
F
|
L
|
R
|
D
|
| 150 | |||||||||
|
A
|
C
|
T
|
Y
|
A
|
T
|
A
|
L
|
N
|
V
|
| 160 | |||||||||
|
|
|
||||||||
|
A
|
S
|
L
|
S
|
V
|
E
|
R
|
Y
|
L
|
A
|
| 170 | |||||||||
| ICL2 | |||||||||
|
I
|
C
|
H
|
P
|
F
|
K
|
A
|
K
|
T
|
L
|
| 180 | |||||||||
| TM4 | |||||||||
|
M
|
S
|
R
|
S
|
R
|
T
|
K
|
K
|
F
|
I
|
| 190 | |||||||||
|
S
|
A
|
I
|
W
|
L
|
A
|
S
|
A
|
L
|
L
|
| 200 | |||||||||
|
A
|
I
|
P
|
M
|
L
|
F
|
T
|
M
|
G
|
L
|
| 210 | |||||||||
|
|
|||||||||
| ECL2 | |||||||||
|
Q
|
N
|
R
|
S
|
G
|
D
|
G
|
T
|
H
|
P
|
| 220 | |||||||||
|
G
|
G
|
L
|
V
|
C
|
T
|
P
|
I
|
V
|
D
|
| 230 | |||||||||
|
|
|||||||||
| TM5 | |||||||||
|
T
|
A
|
T
|
V
|
K
|
V
|
V
|
I
|
Q
|
V
|
| 240 | |||||||||
|
N
|
T
|
F
|
M
|
S
|
F
|
L
|
F
|
P
|
M
|
| 250 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
L
|
V
|
I
|
S
|
I
|
L
|
N
|
T
|
V
|
I
|
| 260 | |||||||||
|
A
|
N
|
K
|
L
|
T
|
V
|
M
|
V
|
H
|
Q
|
| 270 | |||||||||
|
|
|||||||||
| ICL3 | |||||||||
|
A
|
A
|
E
|
Q
|
G
|
R
|
V
|
C
|
T
|
V
|
| 280 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
G
|
T
|
H
|
N
|
G
|
L
|
E
|
H
|
S
|
T
|
| 290 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|||||
| TM6 | |||||||||
|
F
|
N
|
M
|
T
|
I
|
E
|
P
|
G
|
R
|
V
|
| 300 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
Q
|
A
|
L
|
R
|
H
|
G
|
V
|
L
|
V
|
L
|
| 310 | |||||||||
|
R
|
A
|
V
|
V
|
I
|
A
|
F
|
V
|
V
|
C
|
| 320 | |||||||||
|
W
|
L
|
P
|
Y
|
H
|
V
|
R
|
R
|
L
|
M
|
| 330 | |||||||||
| ECL3 | |||||||||
|
F
|
C
|
Y
|
I
|
S
|
D
|
E
|
Q
|
W
|
T
|
| 340 | |||||||||
| TM7 | |||||||||
|
T
|
F
|
L
|
F
|
D
|
F
|
Y
|
H
|
Y
|
F
|
| 350 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
Y
|
M
|
L
|
T
|
N
|
A
|
L
|
F
|
Y
|
V
|
| 360 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
S
|
S
|
A
|
I
|
N
|
P
|
I
|
L
|
Y
|
N
|
| 370 | |||||||||
| H8 | |||||||||
|
L
|
V
|
S
|
A
|
N
|
F
|
R
|
Q
|
V
|
F
|
| 380 | |||||||||
|
L
|
S
|
T
|
L
|
A
|
C
|
L
|
C
|
P
|
G
|
| 390 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| C-term | |||||||||
|
W
|
R
|
H
|
R
|
R
|
K
|
K
|
R
|
P
|
T
|
| 400 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
F
|
S
|
R
|
K
|
P
|
N
|
S
|
M
|
S
|
S
|
| 410 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
N
|
H
|
A
|
F
|
S
|
T
|
S
|
A
|
T
|
R
|
| 420 | |||||||||
|
|
|
|
|
|
E
|
T
|
L
|
Y
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| MBP | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| His(6) | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| PreScission | ||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||
| N-term | |||||||||
|
|
G
|
P
|
N
|
S
|
D
|
L
|
D
|
V
|
N
|
| 58 | |||||||||
| TM1 | |||||||||
|
T
|
D
|
I
|
Y
|
S
|
K
|
V
|
L
|
V
|
T
|
| 68 | |||||||||
|
A
|
I
|
Y
|
L
|
A
|
L
|
F
|
V
|
V
|
G
|
| 78 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
T
|
V
|
G
|
N
|
S
|
V
|
T
|
L
|
F
|
T
|
| 88 | |||||||||
| ICL1 | |||||||||
|
L
|
A
|
R
|
K
|
K
|
S
|
L
|
Q
|
S
|
L
|
| 98 | |||||||||
|
|
|
||||||||
| TM2 | |||||||||
|
Q
|
S
|
T
|
V
|
D
|
Y
|
Y
|
L
|
G
|
S
|
| 108 | |||||||||
|
L
|
A
|
L
|
S
|
D
|
L
|
L
|
I
|
L
|
L
|
| 118 | |||||||||
|
L
|
A
|
M
|
P
|
V
|
E
|
L
|
Y
|
N
|
F
|
| 128 | |||||||||
| ECL1 | |||||||||
|
I
|
W
|
V
|
H
|
H
|
P
|
W
|
A
|
F
|
G
|
| 138 | |||||||||
| TM3 | |||||||||
|
D
|
A
|
G
|
C
|
R
|
G
|
Y
|
Y
|
F
|
L
|
| 148 | |||||||||
|
R
|
D
|
A
|
C
|
T
|
Y
|
A
|
T
|
A
|
L
|
| 158 | |||||||||
|
|
|
||||||||
|
N
|
V
|
V
|
S
|
L
|
S
|
V
|
E
|
L
|
Y
|
| 168 | |||||||||
| ICL2 | |||||||||
|
L
|
A
|
I
|
C
|
H
|
P
|
F
|
K
|
A
|
K
|
| 178 | |||||||||
| TM4 | |||||||||
|
T
|
L
|
M
|
S
|
R
|
S
|
R
|
T
|
K
|
K
|
| 188 | |||||||||
|
F
|
I
|
S
|
A
|
I
|
W
|
L
|
A
|
S
|
A
|
| 198 | |||||||||
|
L
|
L
|
A
|
I
|
P
|
M
|
L
|
F
|
T
|
M
|
| 208 | |||||||||
|
|
|||||||||
| ECL2 | |||||||||
|
G
|
L
|
Q
|
N
|
L
|
S
|
G
|
D
|
G
|
T
|
| 218 | |||||||||
|
H
|
P
|
G
|
G
|
L
|
V
|
C
|
T
|
P
|
I
|
| 228 | |||||||||
|
|
|||||||||
| TM5 | |||||||||
|
V
|
D
|
T
|
A
|
T
|
L
|
K
|
V
|
V
|
I
|
| 238 | |||||||||
|
Q
|
V
|
N
|
T
|
F
|
M
|
S
|
F
|
L
|
F
|
| 248 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
P
|
M
|
L
|
V
|
A
|
S
|
I
|
L
|
N
|
T
|
| 258 | |||||||||
|
V
|
I
|
A
|
N
|
K
|
L
|
T
|
V
|
M
|
V
|
| 268 | |||||||||
|
H
|
Q
|
A
|
A
|
E
|
Q
|
G
|
R
|
V
|
C
|
| 278 | |||||||||
|
|
|||||||||
| ICL3 | TM6 | ||||||||
|
T
|
|
E
|
P
|
G
|
R
|
V
|
Q
|
A
|
L
|
| 303 | |||||||||
|
|
|||||||||
|
R
|
R
|
G
|
V
|
L
|
V
|
L
|
R
|
A
|
V
|
| 313 | |||||||||
|
V
|
I
|
A
|
F
|
V
|
V
|
C
|
W
|
L
|
P
|
| 323 | |||||||||
|
Y
|
H
|
V
|
R
|
R
|
L
|
M
|
F
|
C
|
Y
|
| 333 | |||||||||
| ECL3 | TM7 | ||||||||
|
I
|
S
|
D
|
E
|
Q
|
W
|
T
|
T
|
F
|
L
|
| 343 | |||||||||
|
F
|
D
|
F
|
Y
|
H
|
Y
|
F
|
Y
|
M
|
L
|
| 353 | |||||||||
|
|
|
||||||||
|
T
|
N
|
A
|
L
|
V
|
Y
|
V
|
S
|
A
|
A
|
| 363 | |||||||||
|
I
|
N
|
P
|
I
|
L
|
Y
|
N
|
L
|
V
|
S
|
| 373 | |||||||||
| H8 | |||||||||
|
A
|
N
|
F
|
R
|
Q
|
V
|
F
|
L
|
S
|
T
|
| 383 | |||||||||
|
|
|||||||
|
L
|
A
|
C
|
L
|
C
|
P
|
G
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| PreScission | ||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| NNNNN(Asn5) | ||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| GSGS | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| TrxA | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| His(10) | |||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
SCHEMATIC
Perspective:
Wild-type
Construct
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DIAGRAMS
MUTATIONS
| Position | Wild-type | Mutated |
|---|---|---|
| 86 | | A | L |
| 103 | | H | D |
| 105 | | H | Y |
| 161 | | A | V |
| 167 | | R | L |
| 213 | | R | L |
| 234 | | V | L |
| 253 | | I | A |
| 305 | | H | R |
| 358 | | F | V |
| 362 | | S | A |
DELETIONS
MODIFICATIONS
AUXILIARY PROTEINS
Protein_type: fusion
Name: MBP
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_0 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: tag
Name: His(6)
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_1 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: prot_cleavage
Name: PreScission site (3C)
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_2 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: prot_cleavage
Name: PreScission site (3C)
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_3 None:None
Presence in Crystal:YES
Remarks: None
Protein_type: linker
Name: NNNNN(Asn5)
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_4 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: linker
Name: GSGS
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_5 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: fusion
Name: TrxA
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_6 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
Protein_type: tag
Name: His(10)
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_7 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None
EXPRESSION
| Expression method | Host cell type | Host cell | Remarks |
|---|---|---|---|
| NA | E. coli BL21(DE3) | Bacteria | For mammalian expression, all constructs subcloned in pcDNA3 having FLAG epitope at Nter |
SOLUBILIZATION
| Solvent type | Item | Concentration |
|---|---|---|
| additive | CHS | 0.12 %w/v |
| additive | CHAPS | 0.6 %w/v |
| detergent | DM | 1.6 %w/v |
Remarks:
PURIFICATION
| Purification type | Description |
|---|---|
| detergent exchange to 0.3 % NG | None |
Remarks:None
CRYSTALLIZATION
METHOD: vapour diffusion
TYPE: sitting drops ()
PROTEIN CONCENTRATION: 5 mg/ml
Temperature: 4°C
ph : 9.4-9.4
Remarks: Crystals were observed after 24 h and grew for about 1 wk in sitting drops containing 1 μL of protein/X-mix solution and1 μL reservoir solution1 % NG, 0.5% DG, 0.01 % DDG, 0.1%CHS
Chemical lists
| Type | Item | Concentration |
|---|---|---|
| Additional | ||
| unknown | NaCl | 1 mM |
| unknown | PEG 600 | 26 %v/v |
| unknown | GLYCINE pH9.4 | 50 mM |
| Detergent | ||
| detergent | DG | 5 % w/v |
| detergent | DDG | 0.1 % w/v |
| detergent | NG | 10 % w/v |
| Lipid | ||
| lipid | CHS | 1 %w/v |