ntr1_rat

NAME

4BWB

ORGANISM

Rat (Rattus norvegicus)

PROTEIN NAME

ntr1_rat

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
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His(6)        
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
                  
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PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
NNNNN(Asn5)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GSGS            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TrxA            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
 
 
 
 
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C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(6)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 N-term
 
 
 
 
 
TM1
 
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ICL2
 
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ECL2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
NNNNN(
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GSGS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TrxA
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 K S L Q ICL1ECL1 H H P W A F ECL1ICL2 P F K A K T L M ICL2ECL2 G L Q N R S G D G T H P G G L V C T P I V D ECL2ICL3 R V C T V G T H N G L E H S T F N M T I E ICL3ECL3 S D E Q W ECL3N-term M H L N S S V P Q G T P G E P D A Q P F S G P Q S E M E A T F L A L S L S N G S G N T S E S D T A G P N S D L D V N T D N-termC-term P G W R H R R K K R P T F S R K P N S M S S N H A F S T S A T R E T L Y C-term I Y S K V L V T A I Y L A L F V V G T V G N S V T A F T L A R K S L Q S T V H Y H L G S L A L S D L L I L L L A M P V E L Y N F I W V G D A G C R G Y Y F L R D A C T Y A T A L N V A S L S V E R Y L A I C H S R S R T K K F I S A I W L A S A L L A I P M L F T M T A T V K V V I Q V N T F M S F L F P M L V I S I L N T V I A N K L T V M V H Q A A E Q G P G R V Q A L R H G V L V L R A V V I A F V V C W L P Y H V R R L M F C Y I T T F L F D F Y H Y F Y M L T N A L F Y V S S A I N P I L Y N L V S A N F L S L C F R Q V T L A C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
83 |  S G
86 |  A L
101 |  T R
103 |  H D
105 |  H Y
119 |  L F
121 |  M L
124 |  E D
143 |  R K
150 |  D E
161 |  A V
167 |  R L
213 |  R L
234 |  V L
235 |  K R
240 |  V L
253 |  I A
260 |  I A
262 |  N R
263 |  K R
305 |  H R
332 |  C V
342 |  F A
354 |  T S
358 |  F V
362 |  S A

DELETIONS

  • from 1 to 49
  • from 280 to 295
  • from 391 to 424

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: fusion

    Name: MBP
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(6)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: NNNNN(Asn5)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GSGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: TrxA
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_6 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_7 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    NA E. coli BL21(DE3) Bacteria For mammalian expression, all constructs subcloned in pcDNA3 having FLAG epitope at Nter

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    additive CHS 0.12 %w/v
    additive CHAPS 0.6 %w/v
    detergent DM 1.6 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    detergent exchange to 0.3 % NG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: vapour diffusion
    TYPE: sitting drops ()
    PROTEIN CONCENTRATION: 5 mg/ml
    Temperature: 4°C
    ph : 5.5-5.5

    Remarks: Crystals were observed after 24 h and grew for about 1 wk in sitting drops containing 1 μL of protein/X-mix solution and1 μL reservoir solution1 % NG, 0.5% DG, 0.01 % DDG, 0.1%CHS

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown PEG 600 20 %v/v
    unknown CaCl2 0.2 M
    unknown Na-acetate pH 5.5 50 mM
    Detergent
    detergent OG 10 % w/v
    detergent DG 5 % w/v
    detergent DDG 0.1 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 1 %w/v