smo_human

NAME

4QIN

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

smo_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
A
A
A
R
P
A
R
G
P
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
L
P
L
L
G
L
L
L
L
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
L
L
G
D
P
G
R
G
A
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
S
S
G
N
A
T
G
P
G
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
R
S
A
G
G
S
A
R
R
50
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
A
A
V
T
G
P
P
P
P
60
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
S
H
C
G
R
A
A
P
C
70
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
P
L
R
Y
N
V
C
L
G
80
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
V
L
P
Y
G
A
T
S
T
90
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
L
A
G
D
S
D
S
Q
E
100
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
A
H
G
K
L
V
L
W
S
110
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
L
R
N
A
P
R
C
W
A
120
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
V
I
Q
P
L
L
C
A
V
Y
130
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
P
K
C
E
N
D
R
V
E
140
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
P
S
R
T
L
C
Q
A
T
150
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
G
P
C
A
I
V
E
R
E
160
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
G
W
P
D
F
L
R
C
T
170
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
D
R
F
P
E
G
C
T
N
180
 
 
 
 
 
 
 
 
 
  
                   
E
V
Q
N
I
K
F
N
S
S
190
                   
                   
G
Q
C
E
V
P
L
V
R
T
200
                   
                   
D
N
P
K
S
W
Y
E
D
V
210
                   
                   
E
G
C
G
I
Q
C
Q
N
P
220
                   
    TM1          
L
F
T
E
A
E
H
Q
D
M
230
                   
                   
H
S
Y
I
A
A
F
G
A
V
240
                   
                   
T
G
L
C
T
L
F
T
L
A
250
                   
          ICL1  
T
F
V
A
D
W
R
N
S
N
260
                   
TM2              
R
Y
P
A
V
I
L
F
Y
V
270
                   
                   
N
A
C
F
F
V
G
S
I
G
280
                   
          ECL1  
W
L
A
Q
F
M
D
G
A
R
290
                   
                   
R
E
I
V
C
R
A
D
G
T
300
                   
                   
M
R
L
G
E
P
T
S
N
E
310
                   
  TM3            
T
L
S
C
V
I
I
F
V
I
320
                   
                   
V
Y
Y
A
L
M
A
G
V
V
330
                   
                   
W
F
V
V
L
T
Y
A
W
H
340
                   
          ICL2  
T
S
F
K
A
L
G
T
T
Y
350
                   
          TM4    
Q
P
L
S
G
K
T
S
Y
F
360
                   
                   
H
L
L
T
W
S
L
P
F
V
370
                   
                   
L
T
V
A
I
L
A
V
A
Q
380
                   
ECL2            
V
D
G
D
S
V
S
G
I
C
390
                   
          TM5    
F
V
G
Y
K
N
Y
R
Y
R
400
                   
                   
A
G
F
V
L
A
P
I
G
L
410
                   
                   
V
L
I
V
G
G
Y
F
L
I
420
                   
                   
R
G
V
M
T
L
F
S
I
K
430
     
 
 
 
 
 
 
 
      ICL3 TM6
S
N
H
P
G
L
L
S
E
K
440
                   
                   
A
A
S
K
I
N
E
T
M
L
450
                   
                   
R
L
G
I
F
G
F
L
A
F
460
                   
                   
G
F
V
L
I
T
F
S
C
H
470
                   
                   
F
Y
D
F
F
N
Q
A
E
W
480
                   
                   
E
R
S
F
R
D
Y
V
L
C
490
                   
            ECL3
Q
A
N
V
T
I
G
L
P
T
500
                   
                   
K
Q
P
I
P
D
C
E
I
K
510
                   
      TM7        
N
R
P
S
L
L
V
E
K
I
520
                   
                   
N
L
F
A
M
F
G
T
G
I
530
                   
              H8  
A
M
S
T
W
V
W
T
K
A
540
                   
                   
T
L
L
I
W
R
R
T
W
C
550
         
 
 
 
 
 
      C-term  
R
L
T
G
Q
S
D
D
E
P
560
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
R
I
K
K
S
K
M
I
A
570
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
A
F
S
K
R
H
E
L
L
580
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
N
P
G
Q
E
L
S
F
S
590
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
H
T
V
S
H
D
G
P
V
600
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
G
L
A
F
D
L
N
E
P
610
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
A
D
V
S
S
A
W
A
Q
620
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
H
V
T
K
M
V
A
R
R
G
630
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
I
L
P
Q
D
I
S
V
T
640
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
V
A
T
P
V
P
P
E
E
650
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
A
N
L
W
L
V
E
A
E
660
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
I
S
P
E
L
Q
K
R
L
G
670
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
K
K
K
R
R
K
R
K
K
680
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
V
C
P
L
A
P
P
P
E
690
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
H
P
P
A
P
A
P
S
T
700
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
I
P
R
L
P
Q
L
P
R
Q
710
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
C
L
V
A
A
G
A
W
G
720
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
G
D
S
C
R
Q
G
A
W
730
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
L
V
S
N
P
F
C
P
E
740
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
S
P
P
Q
D
P
F
L
P
750
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
A
P
A
P
V
A
W
A
H
760
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
R
R
Q
G
L
G
P
I
H
770
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
R
T
N
L
M
D
T
E
L
780
 
 
 
 
 
 
 
             
M
D
A
D
S
D
F
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV proteas
 
                  
  N-term      
 
S
G
Q
C
E
V
P
L
V
198
                   
                   
R
T
D
N
P
K
S
W
Y
E
208
                   
                   
D
V
E
G
C
G
I
Q
C
Q
218
                   
        TM1      
N
P
L
F
T
E
A
E
H
Q
228
                   
                   
D
M
H
S
Y
I
A
A
F
G
238
                   
                   
A
V
T
G
L
C
T
L
F
T
248
                   
                   
L
A
T
F
V
A
D
W
R
N
258
                   
ICL1 TM2      
S
N
R
Y
P
A
V
I
L
F
268
                   
                   
Y
V
N
A
C
F
F
V
G
S
278
                   
                   
I
G
W
L
A
Q
F
M
D
G
288
                   
ECL1            
A
R
R
E
I
V
C
R
A
D
298
                   
                   
G
T
M
R
L
G
E
P
T
S
308
                   
      TM3        
N
E
T
L
S
C
V
I
I
F
318
                   
                   
V
I
V
Y
Y
A
L
M
A
G
328
                   
                   
V
V
W
F
V
V
L
T
Y
A
338
                   
                   
W
H
T
S
F
K
A
L
G
T
348
                   
ICL2       TM4
T
Y
Q
P
L
S
G
K
T
S
358
                   
                   
Y
F
H
L
L
T
W
S
L
P
368
                   
                   
F
V
L
T
V
A
I
L
A
V
378
                   
  ECL2          
A
Q
V
D
G
D
S
V
S
G
388
                   
              TM5
I
C
F
V
G
Y
K
N
Y
R
398
                   
                   
Y
R
A
G
F
V
L
A
P
I
408
                   
                   
G
L
V
L
I
V
G
G
Y
F
418
                   
                   
L
I
R
G
V
M
T
L
F
S
428
         
 
           
I
K
S
N
H
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
TM6          
A
A
S
K
I
N
E
T
448
                   
                   
M
L
R
L
G
I
F
G
F
L
458
                   
                   
A
F
G
F
V
L
I
T
F
S
468
                   
                   
C
H
F
Y
D
F
F
N
Q
A
478
                   
                   
E
W
E
R
S
F
R
D
Y
V
488
                   
                   
L
C
Q
A
N
V
T
I
G
L
498
                   
ECL3            
P
T
K
Q
P
I
P
D
C
E
508
                   
          TM7    
I
K
N
R
P
S
L
L
V
E
518
                   
                   
K
I
N
L
F
A
M
F
G
T
528
                   
                   
G
I
A
M
S
T
W
V
W
T
538
                   
H8                
K
A
T
L
L
I
W
R
R
T
548
             
 
               
W
C
R
L
T
G
Q
 

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
 
 
 
ICL3
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV pr
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 


DIAGRAMS

ICL1 W R N S N ICL1ECL1 M D G A R R E I V C R A D G T M R L G E P T S N E T ECL1ICL2 L G T T Y Q P L S G ICL2ECL2 Q V D G D S V S G I C F V G Y K ECL2ICL3 P G L L ICL3ECL3 G L P T K Q P I P D C E I K N R P ECL3N-term M A A A R P A R G P E L P L L G L L L L L L L G D P G R G A A S S G N A T G P G P R S A G G S A R R S A A V T G P P P P L S H C G R A A P C E P L R Y N V C L G S V L P Y G A T S T L L A G D S D S Q E E A H G K L V L W S G L R N A P R C W A V I Q P L L C A V Y M P K C E N D R V E L P S R T L C Q A T R G P C A I V E R E R G W P D F L R C T P D R F P E G C T N E V Q N I K F N S S G Q C E V P L V R T D N P K S W Y E D V E G C G I Q C Q N P L F N-termC-term G Q S D D E P K R I K K S K M I A K A F S K R H E L L Q N P G Q E L S F S M H T V S H D G P V A G L A F D L N E P S A D V S S A W A Q H V T K M V A R R G A I L P Q D I S V T P V A T P V P P E E Q A N L W L V E A E I S P E L Q K R L G R K K K R R K R K K E V C P L A P P P E L H P P A P A P S T I P R L P Q L P R Q K C L V A A G A W G A G D S C R Q G A W T L V S N P F C P E P S P P Q D P F L P S A P A P V A W A H G R R Q G L G P I H S R T N L M D T E L M D A D S D F C-term T E A E H Q D M H S Y I A A F G A V T G L C T L F T L A T F V A D R Y P A V I L F Y V N A C F F V G S I G W L A Q F L S C V I I F V I V Y Y A L M A G V V W F V V L T Y A W H T S F K A K T S Y F H L L T W S L P F V L T V A I L A V A N Y R Y R A G F V L A P I G L V L I V G G Y F L I R G V M T L F S I K S N H S E K A A S K I N E T M L R L G I F G F L A F G F V L I T F S C H F Y D F F N Q A E W E R S F R D Y V L C Q A N V T I S L L V E K I N L F A M F G T G I A M S T W V W T K A W R R L T T L L I T W C R

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 189
  • from 434 to 440
  • from 556 to 787

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_3 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_4 434:440
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect NA

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1.0 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by TEV protease None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 55 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 7.2-7.2

    Remarks: (monoolein and cholesterol mixture in a ratio of 9:1 (w/w)) in a mechanical syringe mixerTrials done in glass sandwich plates.BRIL has mutations: M1007W, H1102I, R1106L

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown PEG400 30 %(v/v)
    unknown MgSO4 100 mM
    unknown MES [pH 6] 100 mM
    unknown polypropylene glycol P 400 2.5 %(v/v)
    Detergent
    detergent DDM 0.03 %(w/v)
    Lipid
    lipid CHS 0.006 %(w/v)