oprd_human

NAME

4RWD

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

oprd_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
E
P
A
P
S
A
G
A
E
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
Q
P
P
L
F
A
N
A
S
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
D
A
Y
P
S
A
C
P
S
A
30
 
 
 
 
 
 
 
 
    
                   
G
A
N
A
S
G
P
P
G
A
40
                   
TM1              
R
S
A
S
S
L
A
L
A
I
50
                   
                   
A
I
T
A
L
Y
S
A
V
C
60
                   
                   
A
V
G
L
L
G
N
V
L
V
70
                   
                   
M
F
G
I
V
R
Y
T
K
M
80
                   
ICL1 TM2      
K
T
A
T
N
I
Y
I
F
N
90
                   
                   
L
A
L
A
D
A
L
A
T
S
100
                   
                   
T
L
P
F
Q
S
A
K
Y
L
110
                   
    ECL1 TM3  
M
E
T
W
P
F
G
E
L
L
120
                   
                   
C
K
A
V
L
S
I
D
Y
Y
130
                   
                   
N
M
F
T
S
I
F
T
L
T
140
                   
                   
M
M
S
V
D
R
Y
I
A
V
150
                   
    ICL2        
C
H
P
V
K
A
L
D
F
R
160
                   
TM4              
T
P
A
K
A
K
L
I
N
I
170
                   
                   
C
I
W
V
L
A
S
G
V
G
180
                   
                   
V
P
I
M
V
M
A
V
T
R
190
                   
ECL2            
P
R
D
G
A
V
V
C
M
L
200
                   
        TM5      
Q
F
P
S
P
S
W
Y
W
D
210
                   
                   
T
V
T
K
I
C
V
F
L
F
220
                   
                   
A
F
V
V
P
I
L
I
I
T
230
                   
                   
V
C
Y
G
L
M
L
L
R
L
240
                   
      ICL3      
R
S
V
R
L
L
S
G
S
K
250
                   
TM6              
E
K
D
R
S
L
R
R
I
T
260
                   
                   
R
M
V
L
V
V
V
G
A
F
270
                   
                   
V
V
C
W
A
P
I
H
I
F
280
                   
                   
V
I
V
W
T
L
V
D
I
D
290
                   
ECL3 TM7      
R
R
D
P
L
V
V
A
A
L
300
                   
                   
H
L
C
I
A
L
G
Y
A
N
310
                   
                   
S
S
L
N
P
V
L
Y
A
F
320
                   
  H8              
L
D
E
N
F
K
R
C
F
R
330
               
 
 
                   
Q
L
C
R
K
P
C
G
R
P
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
D
P
S
S
F
S
R
A
R
E
350
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
T
A
R
E
R
V
T
A
C
360
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
P
S
D
G
P
G
G
G
A
370
 
 
   
A
A
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV proteas
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
                  
  TM1            
 
G
A
R
S
A
S
S
L
A
47
                   
                   
L
A
I
A
I
T
A
L
Y
S
57
                   
                   
A
V
C
A
V
G
L
L
G
N
67
                   
                   
V
L
V
M
F
G
I
V
R
Y
77
                   
ICL1 TM2      
T
K
M
K
T
A
T
N
I
Y
87
                   
                   
I
F
N
L
A
L
A
D
A
L
97
                   
                   
A
T
S
T
L
P
F
Q
S
A
107
                   
          ECL1  
K
Y
L
M
E
T
W
P
F
G
117
                   
TM3              
E
L
L
C
K
A
V
L
S
I
127
                   
                   
D
Y
Y
N
M
F
T
S
I
F
137
                   
                   
T
L
T
M
M
S
V
D
R
Y
147
                   
          ICL2  
I
A
V
C
H
P
V
K
A
L
157
                   
      TM4        
D
F
R
T
P
A
K
A
K
L
167
                   
                   
I
N
I
C
I
W
V
L
A
S
177
                   
                   
G
V
G
V
P
I
M
V
M
A
187
                   
ECL2            
V
T
R
P
R
D
G
A
V
V
197
                   
              TM5
C
M
L
Q
F
P
S
P
S
W
207
                   
                   
Y
W
D
T
V
T
K
I
C
V
217
                   
                   
F
L
F
A
F
V
V
P
I
L
227
                   
                   
I
I
T
V
C
Y
G
L
M
L
237
                   
            ICL3
L
R
L
R
S
V
R
L
L
S
247
                   
  TM6            
G
S
K
E
K
D
R
S
L
R
257
                   
                   
R
I
T
R
M
V
L
V
V
V
267
                   
                   
G
A
F
V
V
C
W
A
P
I
277
                   
                   
H
I
F
V
I
V
W
T
L
V
287
                   
ECL3   TM7    
D
I
D
R
R
D
P
L
V
V
297
                   
                   
A
A
L
H
L
C
I
A
L
G
307
                   
                   
Y
A
N
S
S
L
N
P
V
L
317
                   
        H8        
Y
A
F
L
D
E
N
F
K
R
327
                   
                   
C
F
R
Q
L
C
R
K
P
C
337
 
 
C-term
G
 

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV pr
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
 
 TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 


DIAGRAMS

ICL1 T K M K ICL1ECL1 T W P F ECL1ICL2 P V K A L D F R ICL2ECL2 V T R P R D G A V V C M L Q F P S ECL2ICL3 R L L S G ICL3ECL3 D I D R R ECL3N-term M E P A P S A G A E L Q P P L F A N A S D A Y P S A C P S A G A N A S G P P N-termC-term P C G R P D P S S F S R A R E A T A R E R V T A C T P S D G P G G G A A A C-term G A R S A S S L A L A I A I T A L Y S A V C A V G L L G N V L V M F G I V R Y T A T N I Y I F N L A L A D A L A T S T L P F Q S A K Y L M E G E L L C K A V L S I D Y Y N M F T S I F T L T M M S V D R Y I A V C H T P A K A K L I N I C I W V L A S G V G V P I M V M A P S W Y W D T V T K I C V F L F A F V V P I L I I T V C Y G L M L L R L R S V S K E K D R S L R R I T R M V L V V V G A F V V C W A P I H I F V I V W T L V D P L V V A A L H L C I A L G Y A N S S L N P V L Y A F L D E N F R Q F K R C L C R K

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 38
  • from 339 to 372

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_3 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect pFastBac1 and Bac-to-bac

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 0.75 %w/v
    additive CHS 0.15 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by TEV protease None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 40 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 6.0-6.0

    Remarks: XFEL:After crystals had formed, excess precipitant solution was carefully removed, and this was followed by the addition of ~3 μL of 7.9 MAG to absorb the residual precipitant solution.

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown MES pH 6.0 0.1 M
    unknown PEG 400 30-32 % v/v
    unknown Lithium Citrate 50-180 mM
    Detergent
    detergent DDM 0.03 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.006 %w/v