opsd_todpa

NAME

4WW3

ORGANISM

Japanese flying squid (Todarodes pacificus)

PROTEIN NAME

opsd_todpa

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
    
N-term        
M
G
R
D
L
R
D
N
E
T
10
                   
                   
W
W
Y
N
P
S
I
V
V
H
20
                   
                   
P
H
W
R
E
F
D
Q
V
P
30
                   
TM1              
D
A
V
Y
Y
S
L
G
I
F
40
                   
                   
I
G
I
C
G
I
I
G
C
G
50
                   
                   
G
N
G
I
V
I
Y
L
F
T
60
                   
    ICL1 TM2  
K
T
K
S
L
Q
T
P
A
N
70
                   
                   
M
F
I
I
N
L
A
F
S
D
80
                   
                   
F
T
F
S
L
V
N
G
F
P
90
                   
                   
L
M
T
I
S
C
F
L
K
K
100
                   
ECL1 TM3      
W
I
F
G
F
A
A
C
K
V
110
                   
                   
Y
G
F
I
G
G
I
F
G
F
120
                   
                   
M
S
I
M
T
M
A
M
I
S
130
                   
                   
I
D
R
Y
N
V
I
G
R
P
140
                   
ICL2       TM4
M
A
A
S
K
K
M
S
H
R
150
                   
                   
R
A
F
I
M
I
I
F
V
W
160
                   
                   
L
W
S
V
L
W
A
I
G
P
170
                   
    ECL2        
I
F
G
W
G
A
Y
T
L
E
180
                   
                   
G
V
L
C
N
C
S
F
D
Y
190
                   
      TM5        
I
S
R
D
S
T
T
R
S
N
200
                   
                   
I
L
C
M
F
I
L
G
F
F
210
                   
                   
G
P
I
L
I
I
F
F
C
Y
220
                   
                   
F
N
I
V
M
S
V
S
N
H
230
                   
                   
E
K
E
M
A
A
M
A
K
R
240
                   
ICL3 TM6      
L
N
A
K
E
L
R
K
A
Q
250
                   
                   
A
G
A
N
A
E
M
R
L
A
260
                   
                   
K
I
S
I
V
I
V
S
Q
F
270
                   
                   
L
L
S
W
S
P
Y
A
V
V
280
                   
                   
A
L
L
A
Q
F
G
P
L
E
290
                   
ECL3 TM7      
W
V
T
P
Y
A
A
Q
L
P
300
                   
                   
V
M
F
A
K
A
S
A
I
H
310
                   
                H8
N
P
M
I
Y
S
V
S
H
P
320
                   
                   
K
F
R
E
A
I
S
Q
T
F
330
                   
C-term        
P
W
V
L
T
C
C
Q
F
D
340
                   
                   
D
K
E
T
E
D
D
K
D
A
350
               
 
 
                   
E
T
E
I
P
A
G
E
S
S
360
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
D
A
A
P
S
A
D
A
A
Q
370
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
K
E
M
M
A
M
M
Q
K
380
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
Q
Q
Q
Q
A
A
Y
P
P
390
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
G
Y
A
P
P
P
Q
G
Y
400
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
P
Q
G
Y
P
P
Q
G
Y
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
P
Q
G
Y
P
P
Q
G
Y
420
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
P
P
P
Q
G
A
P
P
Q
430
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
A
P
P
A
A
P
P
Q
G
440
 
 
 
 
 
 
 
 
               
V
D
N
Q
A
Y
Q
A
 
                  
  N-term      
 
E
T
W
W
Y
N
P
S
I
17
                   
                   
V
V
H
P
H
W
R
E
F
D
27
                   
      TM1        
Q
V
P
D
A
V
Y
Y
S
L
37
                   
                   
G
I
F
I
G
I
C
G
I
I
47
                   
                   
G
C
G
G
N
G
I
V
I
Y
57
                   
          ICL1  
L
F
T
K
T
K
S
L
Q
T
67
                   
TM2              
P
A
N
M
F
I
I
N
L
A
77
                   
                   
F
S
D
F
T
F
S
L
V
N
87
                   
                   
G
F
P
L
M
T
I
S
C
F
97
                   
    ECL1 TM3  
L
K
K
W
I
F
G
F
A
A
107
                   
                   
C
K
V
Y
G
F
I
G
G
I
117
                   
                   
F
G
F
M
S
I
M
T
M
A
127
                   
                   
M
I
S
I
D
R
Y
N
V
I
137
                   
    ICL2        
G
R
P
M
A
A
S
K
K
M
147
                   
TM4              
S
H
R
R
A
F
I
M
I
I
157
                   
                   
F
V
W
L
W
S
V
L
W
A
167
                   
          ECL2  
I
G
P
I
F
G
W
G
A
Y
177
                   
                   
T
L
E
G
V
L
C
N
C
S
187
                   
            TM5  
F
D
Y
I
S
R
D
S
T
T
197
                   
                   
R
S
N
I
L
C
M
F
I
L
207
                   
                   
G
F
F
G
P
I
L
I
I
F
217
                   
                   
F
C
Y
F
N
I
V
M
S
V
227
                   
                   
S
N
H
E
K
E
M
A
A
M
237
                   
    ICL3 TM6  
A
K
R
L
N
A
K
E
L
R
247
                   
                   
K
A
Q
A
G
A
N
A
E
M
257
                   
                   
R
L
A
K
I
S
I
V
I
V
267
                   
                   
S
Q
F
L
L
S
W
S
P
Y
277
                   
                   
A
V
V
A
L
L
A
Q
F
G
287
                   
ECL3   TM7    
P
L
E
W
V
T
P
Y
A
A
297
                   
                   
Q
L
P
V
M
F
A
K
A
S
307
                   
                   
A
I
H
N
P
M
I
Y
S
V
317
                   
  H8              
S
H
P
K
F
R
E
A
I
S
327
                   
      C-term  
Q
T
F
P
W
V
L
T
C
C
337
                   
                   
Q
F
D
D
K
E
T
E
D
D
347
                   
                   
K
D
A
E
T
E
I
P
A
G
357
 
 
   
E
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
WT                

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
WT


DIAGRAMS

ICL1 K S L Q ICL1ECL1 K W I F ECL1ICL2 P M A A S K K M ICL2ECL2 G W G A Y T L E G V L C N C S F D Y I S R ECL2ICL3 R L N ICL3ECL3 P L E W V ECL3N-term M G R D L R D N E T W W Y N P S I V V H P H W R E F D Q V P N-termC-term P W V L T C C Q F D D K E T E D D K D A E T E I P A G E S S D A A P S A D A A Q M K E M M A M M Q K M Q Q Q Q A A Y P P Q G Y A P P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P P P Q G A P P Q G A P P A A P P Q G V D N Q A Y Q A C-term D A V Y Y S L G I F I G I C G I I G C G G N G I V I Y L F T K T T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F L K G F A A C K V Y G F I G G I F G F M S I M T M A M I S I D R Y N V I G R S H R R A F I M I I F V W L W S V L W A I G P I F D S T T R S N I L C M F I L G F F G P I L I I F F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K A K E L R K A Q A G A N A E M R L A K I S I V I V S Q F L L S W S P Y A V V A L L A Q F G T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K I S Q F R E A T F

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 8
  • from 359 to 448

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: NONE

    Name: WT
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    NA Native Squid

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent OG 100 mM

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Proteolysis by V8 protease None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: vapour diffusion
    TYPE: sitting drop ()
    PROTEIN CONCENTRATION: 5 mg/ml
    Temperature: 100-170 K
    ph : 6.4-6.4

    Remarks:

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown Ammonium sulfate 3.2 M
    unknown MES pH 6.4 40 mM
    unknown Sucrose 20 %
    Detergent
    detergent Octylglucoside (OG) 30 mM