par2_human

NAME

5NDZ

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

par2_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
R
S
P
S
A
A
W
L
L
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
A
A
I
L
L
A
A
S
L
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
C
S
G
T
I
Q
G
T
N
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
S
S
K
G
R
S
L
I
G
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
V
D
G
T
S
H
V
T
G
50
 
 
 
 
 
 
 
 
    
                   
K
G
V
T
V
E
T
V
F
S
60
                   
                   
V
D
E
F
S
A
S
V
L
T
70
                   
TM1              
G
K
L
T
T
V
F
L
P
I
80
               
 
  
                   
V
Y
T
I
V
F
V
V
G
L
90
                   
                   
P
S
N
G
M
A
L
W
V
F
100
             
 
    
      ICL1 TM2
L
F
R
T
K
K
K
H
P
A
110
                   
                   
V
I
Y
M
A
N
L
A
L
A
120
                   
                   
D
L
L
S
V
I
W
F
P
L
130
                   
                   
K
I
A
Y
H
I
H
G
N
N
140
                   
ECL1 TM3      
W
I
Y
G
E
A
L
C
N
V
150
           
 
      
                   
L
I
G
F
F
Y
G
N
M
Y
160
         
 
        
                   
C
S
I
L
F
M
T
C
L
S
170
     
 
  
 
        
                   
V
Q
R
Y
W
V
I
V
N
P
180
                   
ICL2     TM4  
M
G
H
S
R
K
K
A
N
I
190
                   
                   
A
I
G
I
S
L
A
I
W
L
200
                   
                   
L
I
L
L
V
T
I
P
L
Y
210
                   
  ECL2          
V
V
K
Q
T
I
F
I
P
A
220
 
 
                
                   
L
N
I
T
T
C
H
D
V
L
230
                   
        TM5      
P
E
Q
L
L
V
G
D
M
F
240
                   
                   
N
Y
F
L
S
L
A
I
G
V
250
                   
                   
F
L
F
P
A
F
L
T
A
S
260
             
 
  
 
                   
A
Y
V
L
M
I
R
M
L
R
270
 
 
 
 
 
 
        
    ICL3 TM6  
S
S
A
M
D
E
N
S
E
K
280
               
 
  
                   
K
R
K
R
A
I
K
L
I
V
290
   
 
              
                   
T
V
L
A
M
Y
L
I
C
F
300
                   
                   
T
P
S
N
L
L
L
V
V
H
310
                   
                   
Y
F
L
I
K
S
Q
G
Q
S
320
                   
ECL3 TM7      
H
V
Y
A
L
Y
I
V
A
L
330
                   
                   
C
L
S
T
L
N
S
C
I
D
340
                   
              H8  
P
F
V
Y
Y
F
V
S
H
D
350
                   
                   
F
R
D
H
A
K
N
A
L
L
360
                   
    C-term    
C
R
S
V
R
T
V
K
Q
M
370
             
 
 
 
                   
Q
V
S
L
T
S
K
K
H
S
380
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
K
S
S
S
Y
S
S
S
S
390
 
 
 
 
 
 
 
             
T
T
V
K
T
S
Y
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GP64 envelo
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lysozyme
 
                  
  N-term      
 
F
S
V
D
E
F
S
A
S
67
                   
      TM1        
V
L
T
G
K
L
T
T
V
F
77
                   
                   
L
P
I
V
Y
T
I
V
F
V
87
 
 
                
                   
V
A
L
P
S
N
G
M
A
L
97
                   
            ICL1
W
V
F
L
F
R
T
K
K
K
107
 
                  
TM2              
A
P
A
V
I
Y
M
A
N
L
117
                   
                   
A
L
A
D
L
L
S
V
I
W
127
                   
                   
F
P
L
K
I
A
Y
H
I
H
137
                   
ECL1     TM3  
G
N
N
W
I
Y
G
E
A
L
147
                 
 
                   
C
N
V
L
I
G
F
F
Y
A
157
               
 
  
                   
N
M
Y
C
S
I
L
F
L
T
167
           
 
  
 
  
                   
C
L
S
V
Q
R
A
W
E
I
177
                   
    ICL2        
V
N
P
M
G
H
S
R
K
K
187
                   
TM4              
A
N
I
A
I
G
I
S
L
A
197
                   
                   
I
W
L
L
I
L
L
V
T
I
207
                   
        ECL2    
P
L
Y
V
V
K
Q
T
I
F
217
       
 
          
                   
I
P
A
L
Q
I
T
T
C
H
227
                   
              TM5
D
V
L
P
E
Q
L
L
V
G
237
                   
                   
D
M
F
N
Y
F
L
S
L
A
247
                   
                   
I
G
V
F
L
F
P
A
F
L
257
                   
                   
T
A
S
A
Y
V
L
M
I
R
267
 
  
 
     
A
L
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
              
TM6          
E
N
S
E
K
K
R
K
283
         
 
      
 
                   
R
A
I
K
L
A
V
T
V
A
293
                   
                   
A
M
Y
L
I
C
F
T
P
S
303
                   
                   
N
L
L
L
V
V
H
Y
F
L
313
                   
        ECL3    
I
K
S
Q
G
Q
S
H
V
Y
323
                   
TM7              
A
L
Y
I
V
A
L
C
L
S
333
                   
                   
T
L
N
S
C
I
D
P
F
V
343
                   
        H8        
Y
Y
F
V
S
H
D
F
R
D
353
                   
                   
H
A
K
N
A
L
L
C
R
S
363
                   
C-term        
V
R
T
V
K
Q
M
Q
V
S
373
       
 
         
L
T
S
K
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
 
 
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
 
 
ECL2
 
 
 
 
TM5
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GP64 e
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lys
 
 
 N-term
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
 
 
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
 
 
ECL2
 
 
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 T K K K ICL1ECL1 G N N W I Y ECL1ICL2 P M G H S R K ICL2ECL2 V K Q T I F I P A L N I T T C H D V L P E Q L ECL2ICL3 A M D ICL3ECL3 G Q S H ECL3N-term M R S P S A A W L L G A A I L L A A S L S C S G T I Q G T N R S S K G R S L I G K V D G T S H V T G K G V T V E T V F S V D E F S A S V L T N-termC-term S V R T V K Q M Q V S L T S K K H S R K S S S Y S S S S T T V K T S Y C-term G K L T T V F L P I V Y T I V F V V G L P S N G M A L W V F L F R H P A V I Y M A N L A L A D L L S V I W F P L K I A Y H I H G E A L C N V L I G F F Y G N M Y C S I L F M T C L S V Q R Y W V I V N K A N I A I G I S L A I W L L I L L V T I P L Y V L V G D M F N Y F L S L A I G V F L F P A F L T A S A Y V L M I R M L R S S E N S E K K R K R A I K L I V T V L A M Y L I C F T P S N L L L V V H Y F L I K S Q V Y A L Y I V A L C L S T L N S C I D P F V Y Y F V S H D A K N R F R D H A L L C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
89 |  G A
108 |  H A
157 |  G A
166 |  M L
174 |  Y A
176 |  V E
222 |  N Q
268 |  M A
289 |  I A
293 |  L A

DELETIONS

  • from 1 to 58
  • from 270 to 275
  • from 378 to 397

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: GP64 envelope protein
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: T4 Lysozyme (T4L)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_2 270:276
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent LMNG 1.0 %w/v
    additive CHS 0.1 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Imidazole to improve purity of histidine-tagged proteins None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 40 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 5.5-6.2

    Remarks:

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    detergent LMNG 0.004 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.002 %w/v
    LCP lipid additive
    cholesterol 10.0 %
    Buffer
    sodium citrate/citrate acid pH 5.5–6.2 0.1 M
    Additional
    ammonium phosphate dibasic 0.2 M
    PEG 400 38–43 %(v/v)