ednrb_human

NAME

5XPR

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

ednrb_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
Q
P
P
P
S
L
C
G
R
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
L
V
A
L
V
L
A
C
G
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
S
R
I
W
G
E
E
R
G
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
P
P
D
R
A
T
P
L
L
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
T
A
E
I
M
T
P
P
T
50
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
T
L
W
P
K
G
S
N
A
60
 
 
 
 
 
 
        
                   
S
L
A
R
S
L
A
P
A
E
70
                   
                   
V
P
K
G
D
R
T
A
G
S
80
                   
                   
P
P
R
T
I
S
P
P
P
C
90
                   
TM1              
Q
G
P
I
E
I
K
E
T
F
100
                   
                   
K
Y
I
N
T
V
V
S
C
L
110
                   
                   
V
F
V
L
G
I
I
G
N
S
120
     
 
            
                   
T
L
L
R
I
I
Y
K
N
K
130
                   
ICL1 TM2      
C
M
R
N
G
P
N
I
L
I
140
                   
                   
A
S
L
A
L
G
D
L
L
H
150
                   
                   
I
V
I
D
I
P
I
N
V
Y
160
                   
        ECL1    
K
L
L
A
E
D
W
P
F
G
170
                   
TM3              
A
E
M
C
K
L
V
P
F
I
180
                   
                   
Q
K
A
S
V
G
I
T
V
L
190
                   
                   
S
L
C
A
L
S
I
D
R
Y
200
                   
          ICL2  
R
A
V
A
S
W
S
R
I
K
210
                   
      TM4        
G
I
G
V
P
K
W
T
A
V
220
                   
                   
E
I
V
L
I
W
V
V
S
V
230
                   
                   
V
L
A
V
P
E
A
I
G
F
240
                   
ECL2            
D
I
I
T
M
D
Y
K
G
S
250
                   
                   
Y
L
R
I
C
L
L
H
P
V
260
                 
 
    TM5          
Q
K
T
A
F
M
Q
F
Y
K
270
                   
                   
T
A
K
D
W
W
L
F
S
F
280
                   
                   
Y
F
C
L
P
L
A
I
T
A
290
                   
                   
F
F
Y
T
L
M
T
C
E
M
300
     
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
R
K
K
S
G
M
Q
I
A
310
 
                  
ICL3 TM6      
L
N
D
H
L
K
Q
R
R
E
320
                   
                   
V
A
K
T
V
F
C
L
V
L
330
                   
                   
V
F
A
L
C
W
L
P
L
H
340
 
 
                
                   
L
S
R
I
L
K
L
T
L
Y
350
                   
ECL3     TM7  
N
Q
N
D
P
N
R
C
E
L
360
                   
                   
L
S
F
L
L
V
L
D
Y
I
370
                   
                   
G
I
N
M
A
S
L
N
S
C
380
 
                  
                   
I
N
P
I
A
L
Y
L
V
S
390
         
 
      
 
H8                
K
R
F
K
N
C
F
K
S
C
400
       
 
    
 
 
 
      C-term  
L
C
C
W
C
Q
S
F
E
E
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
Q
S
L
E
E
K
Q
S
C
420
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
K
F
K
A
N
D
H
G
Y
430
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
D
N
F
R
S
S
N
K
Y
S
440
 
 
   
S
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
AMGQPVGAP  
 
 
                
  N-term      
 
L
A
P
A
E
V
P
K
G
74
                   
                   
D
R
T
A
G
S
P
P
R
T
84
                   
            TM1  
I
S
P
P
P
C
Q
G
P
I
94
                   
                   
E
I
K
E
T
F
K
Y
I
N
104
                   
                   
T
V
V
S
C
L
V
F
V
L
114
                 
 
                   
G
I
I
G
N
S
T
L
L
Y
124
                   
          ICL1  
I
I
Y
K
N
K
C
M
R
N
134
                   
TM2              
G
P
N
I
L
I
A
S
L
A
144
                   
                   
L
G
D
L
L
H
I
V
I
D
154
                   
                   
I
P
I
N
V
Y
K
L
L
A
164
                   
ECL1   TM3    
E
D
W
P
F
G
A
E
M
C
174
                   
                   
K
L
V
P
F
I
Q
K
A
S
184
                   
                   
V
G
I
T
V
L
S
L
C
A
194
                   
                   
L
S
I
D
R
Y
R
A
V
A
204
                   
  ICL2          
S
W
S
R
I
K
G
I
G
V
214
                   
TM4              
P
K
W
T
A
V
E
I
V
L
224
                   
                   
I
W
V
V
S
V
V
L
A
V
234
                   
            ECL2
P
E
A
I
G
F
D
I
I
T
244
                   
                   
M
D
Y
K
G
S
Y
L
R
I
254
                   
                   
C
L
L
H
P
V
Q
K
T
A
264
         
 
        
TM5              
F
M
Q
F
Y
A
T
A
K
D
274
                   
                   
W
W
L
F
S
F
Y
F
C
L
284
                   
                   
P
L
A
I
T
A
F
F
Y
T
294
                 
 
                   
L
M
T
C
E
M
L
R
K
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
mT4L            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
              
ICL3 TM6  
L
N
D
H
L
K
Q
R
318
                   
                   
R
E
V
A
K
T
V
F
C
L
328
                   
                   
V
L
V
F
A
L
C
W
L
P
338
     
 
            
                   
L
H
L
A
R
I
L
K
L
T
348
                   
    ECL3        
L
Y
N
Q
N
D
P
N
R
C
358
                   
TM7              
E
L
L
S
F
L
L
V
L
D
368
                   
                   
Y
I
G
I
N
M
A
S
L
N
378
   
 
              
                   
S
C
A
N
P
I
A
L
Y
L
388
             
 
    
  H8              
V
S
K
R
F
K
N
A
F
K
398
 
 
        
 
    
 
                   
S
A
L
C
C
W
A
Q
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV proteas
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
EGFP-His10

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
TM7
 
 
 
 
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
AMGQPV
 
 
 
 N-term
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
mT4L
 
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
TM7
 
 
 
 
 
H8
 
 
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV pr
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
EGFP-H


DIAGRAMS

ICL1 K C M R N ICL1ECL1 E D W P F ECL1ICL2 W S R I K G I G ICL2ECL2 D I I T M D Y K G S Y L R I C L L H P V Q K ECL2ICL3 Q I A L ICL3ECL3 N Q N D P N ECL3N-term M Q P P P S L C G R A L V A L V L A C G L S R I W G E E R G F P P D R A T P L L Q T A E I M T P P T K T L W P K G S N A S L A R S L A P A E V P K G D R T A G S P P R T I S P P P C N-termC-term W C Q S F E E K Q S L E E K Q S C L K F K A N D H G Y D N F R S S N K Y S S S C-term Q G P I E I K E T F K Y I N T V V S C L V F V L G I I G N S T L L R I I Y K N G P N I L I A S L A L G D L L H I V I D I P I N V Y K L L A G A E M C K L V P F I Q K A S V G I T V L S L C A L S I D R Y R A V A S V P K W T A V E I V L I W V V S V V L A V P E A I G F T A F M Q F Y K T A K D W W L F S F Y F C L P L A I T A F F Y T L M T C E M L R K K S G M N D H L K Q R R E V A K T V F C L V L V F A L C W L P L H L S R I L K L T L Y R C E L L S F L L V L D Y I G I N M A S L N S C I N P I A L Y L V S K R F K S F K N C C L C C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
124 |  R Y
270 |  K A
342 |  S A
381 |  I A
396 |  C A
400 |  C A
405 |  C A

DELETIONS

  • from 1 to 65
  • from 304 to 310
  • from 408 to 442

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: AMGQPVGAP
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_3 57:66
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: mT4L
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_4 304:311
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: EGFP-His10
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_6 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect Bac-to-Bac

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 0.5 %w/v
    additive CHS 0.1 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Detergent DDM exchanged with 0.1% LMNG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 40 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 7.0-7.0

    Remarks: ratio of 8:9:1 (w/w) protein:monoolein:cholesterol

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    detergent LMNG 0.01 %w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.001 %w/v
    Additional
    PEG500DME 20-25 % v/v
    Na2SO4 100.0 mM
    Buffer
    MOPS-NaOH, pH 7.0 100.0 mM